All'interno dello stabilimento MBO sono presenti tre sistemi di ventilazione:
- dalla sala ricevimenti;
 - da l’impianto di bioessicazione;
 - da l’impianto di lavorazione.
 
Prima di essere immessa nell'ambiente, l'aria viene miscelata da tutti e tre i sistemi di ventilazione e il processo di depurazione viene eseguito attraverso due biofiltri di 400 m2 ciascuno, preceduti da due unità di lavaggio / scrubber.
Inoltre, l'aria di scarico dall'impianto di trattamento meccanico dei rifiuti viene filtrata attraverso il filtro antipolvere a sacco prima di essere miscelata con altra aria.
