U sklopu MBO postrojenja nalaze se tri sustava ventilacije i to:
- iz hale za prihvat;
- iz postrojenja za biosušenje;
- iz postrojenja za mehaničku obradu.
Prije ispuštanja u okolinu, zrak se iz sva tri sustava ventilacije miješa te se proces pročiščavanja vrši kroz dva biofiltera svaki dimenzije 400 m2 a kojima predhode dvije jedinice za pranje zraka/skruberi.
Dodatno, izlazni zrak iz postrojenja za mehaničku obradu otpada, prije miješanja sa ostalim zrakom, filtrira se kroz vrećasti filter prašine.